Come precisato nella circolare n. 57/E del 25 settembre 2008, nel caso in cui la fusione abbia già beneficiato dell'agevolazione fiscale, potrà optare per l'applicazione dell'imposta sostitutiva sui residui maggiori valori eventualmente presenti in bilancio e non riconosciuti fiscalmente in quanto eccedenti il limite di 5 milioni di euro.